对于军人嫌犯,早在1775年,国会就通过了美国的军事司法规则,这种规则一直到1950年,基本上没有很大的变化,美国军队中的军事法庭就按照这种规则设立,一直到1950年国会通过了军事司法统一法规(Uniform Code of Military Justice)。但是,这种军事法庭(Court-Martial)的司法权只覆盖军队本身的官兵的犯罪,比如不久前撞沉日本渔船的美国潜水艇的船长,就是受军事法庭公开审判的。通常认为,这种军事法庭能够对战场上的士兵提供更多一层的保护。
林肯总统的主要目的是用特别军事法庭的审判来阻止那些帮助南方叛军的平民。在1861年Ex parte Merryman 一案中,林肯的决定受到联邦最高法院首席大法官塔尼(Roger Taney)的质疑,他认为只有国会才有权中止人身保护令特权。可是,随后不久,国会认可了林肯总统的决定。这一点,证明了在战争状态下,国会和总统在中止人身保护令,设立军事法庭的必要上,是一致的。